Community service/Minicourse
Utilização de ferramentas computacionais para interpretação de dados adquiridos em espectrometria de massa: BeMASS
Minicurso do dia 22/01/2024 até 01/02/2024
Local: CFM – Departamento de Química – Sala 407, das 14:00 às 16:00 horas.
INSCRIÇÃO: https://inscricoes.ufsc.br/activities/9492
OBJETIVO GERAL:
- Apresentar diferentes estratégias computacionais para a anotação de metabólitos em amostras de produtos naturais utilizando dados de espectrometria de massas TANDEM (ESIMS) em softwares e plataformas online de metabolômica.
- Otimizar metodologias de separação e aquisição de dados de acordo com a natureza da amostra estudada;
- Transformar e normalizar dados para inserção em softwares de identificação de metabólitos;
- Converter dados e construir tabelas para inserção em plataformas online;
- Compreender parâmetros básicos de diferentes softwares para anotação de metabólitos;
- Correlacionar dados de softwares e plataformas metabolômicas.
PROGRAMAÇÃO:
Topic 1 – Mass spectrometry: “A brief story”
Topic 2 – MS DIAL: “Refining your data: deconvolution of features”
Topic 3 – MS FINDER: “Molecular formula and in silico fragmentation: an algorithm that provides metabolite annotation”
Topic 4 – SIRIUS: “Molecular formula and fragmentation trees: an algorithm that provides metabolite annotation”
Topic 5 – GNPS: “Molecular network: clustering metabolites by spectral similarities”
Topic 6 – MetaboAnalyst: “Statistics says: which group of samples are correlated (PCA) and which metabolite influences a given response (PLS-DA)”
THE DYNAMICS (along 14:00 – 16:00)
Alternating: Theoretical background and practical classes
22/01/2024: Topic 1 – Mass spectrometry
23/01/2024: Topic 2 – MS DIAL
24/01/2024: Topic 2 – MS DIAL – Hands on (Data deconvolution, ion table exportation)
25/01/2024: Topic 3 – MS FINDER
26/01/2024: Topic 3 – MS FINDER – Hands on (Focus: The quality of cross-checking)
29/01/2024: Topic 4 – SIRIUS
30/01/2024: Topic 5 – GNPS
31/01/2024: Topic 6 – MetaboAnalyst – Theory + Hands on (unsupervised methods)
01/02/2024: Topic 6 – MetaboAnalyst – Theory + Hands on (supervised methods)
As atividades práticas do presente curso requerem do participante possuir um computador com sistema operacional Windows com acesso à Internet, passível de instalação e capacidade de execução dos seguintes programas individualmente e por vezes simultaneamente (n=2):
I. Proteowizard – MS CONVERTGUI
II. Waters2mzML – Vendor conversor
III. Core FTP LE
IV. MS-DIAL Versão 4.9
V. MS-FINDER Versão 3.52
VI. Cytoscape Versão 3-10.0
VII. Office Excel
VIII. Usuário no GNPS
- Os programas são de livre download e serão fornecidos para instalação via drive após o período de inscrição e antes do início das aulas.
- Inscritos que possuírem material (dados de massas) executarão as atividades práticas e discussão em grupo com seus dados, demais inscritos utilizarão dados fornecidos pela ministrante.
Exemplo de sistema 1:
Exemplo de sistema 2:
